Tiếng Mã Lai là thành viên của ngữ hệ Nam Đảo, bao gồm các ngôn ngữ từ Đông Nam Á và Thái Bình Dương, với số lượng nhỏ hơn ở lục địa châu Á. Tiếng Malagasy, nằm cách biệt về mặt địa lý được nói ở Madagascar ở Ấn Độ Dương, cũng là một thành viên của hệ ngôn ngữ này. Mặc dù các ngôn ngữ này không nhất thiết thông hiểu lẫn nhau ở bất kỳ mức độ nào, điểm tương đồng giữa chúng khá nổi bật. Nhiều gốc từ hầu như không thay đổi so với tổ tiên chung của chúng, ngôn ngữ Nam Đảo nguyên thuỷ. Có rất nhiều từ cùng gốc trong những từ quan hệ họ hàng, sức khoẻ, bộ phận cơ thể và động vật thông thường. Đặc biệt, số đếm cho thấy sự tương đồng đáng chú ý.

Trong ngữ hệ Nam Đảo, tiếng Mã Lai là một phần của một nhóm các ngôn ngữ/phương ngữ/tiếng nói có liên quan chặt chẽ được gọi là nhóm ngôn ngữ Malay, được thương nhân Mã Lai từ Sumatra mang đi khắp Malaya và quần đảo Indonesia. Có sự bất đồng về việc trong các thổ ngữ hay gọi là "Mã Lai" này, tiếng nào nên được coi là phương ngữ tiếng Mã Lai, tiếng nào nên được coi là một ngôn ngữ riêng biệt. Ví dụ, tiếng địa phương của Brunei—tiếng Mã Lai Brunei, không thông hiểu hoàn toàn với tiếng Mã Lai chuẩn, và điều tương tự cũng xảy ra với một số khẩu ngữ trên bán đảo Mã Lai, chẳng hạn tiếng Mã Lai Kedah. Tuy nhiên, cả tiếng Mã Lai Brunei và tiếng Mã Lai Kedah đều khá gần nhau.[11]

Họ hàng gần nhất của tiếng Mã Lai là những ngôn ngữ còn lại trên Sumatra, như tiếng Minangkabau, với 5,5 triệu người nói ở miền duyên hải phía tây.